Man ved nærmest ingenting om genetikken hos de danske egern. Dog ved man, at der mange steder tidligere er sket udsætninger af røde danske eller tyske egern i de lokale og oprindelige, danske bestande. Forholdene er komplekse, og fakta fortaber sig så meget i historien, at det er svært at få noget klart billede af udviklingen i de enkelte bestande af egern.
Dog synes den oprindelige bestand på i hvert fald Fyn og i Vendsyssel at have været sorte egern.
I følge gamle optegnelser angives Fyn som det eneste sted i verden, hvor en sort bestand fandtes. Måske har der altid været enkelte røde eller brune farvevarianter på Fyn, men yderst få i gamle dage.
Senere har brune og røde varianter spredt sig på Vestfyn - måske hjulpet af udsætninger? De lysere varianter har spredt sig østover, men i lang tid var der overvejende eller enerådende sorte egern på Øst- og Sydfyn. Tilsyneladende er dette stadig tilfældet i enkelte skove på Østfyn.
En af flere muligheder er, at den sorte variant på Fyn - og Sjælland - repræsenterer en tidligere isoleret oprindelig dansk form af Sciurus vulgaris - som betyder, den som sidder i sin egen skygge. Der kan også være tale om gener, der udkonkurreres af gener for rød eller brun farve.
Skal man bevare bestanden af sorte egern, skal man forsøge at undgå, at de almindelige røde egern blander sig med de sorte. Isolerede skove uden egern vil derfor være en løsning som potentielle, nye levesteder for en bestand af sort egern.
Sammen med Skov- og Naturstyrelsen, Århus Universitet og Statens Naturhistoriske Museum vil Danmarks Naturfredningsforening derfor gennemføre et projekt, hvor sorte egern indfanges på Sydøstfyn og udsættes på Langeland, hvor der ikke er egern i dag, men hvor levevilkårene er til stede.
