Flagermus er fredede og omfattet af habitatdirektivet
Efter dansk lovgivning (artsfredningsbekendtgørelsen) er alle flagermus totalfredede. At flagermus er fredede betyder, at flagermus ikke må fanges eller slås ihjel. Man må heller ikke ødelægge eller beskadige deres ynglesteder og de områder, de vender jævnligt tilbage til for finder føde.
Flagermus er også beskyttet af habitatdirektivets bilag 'Bilag IV', som omfatter dyre- og plantearter, som kræver streng beskyttelse.
Det omfatter bl.a. forbud mod:
Alle former for forsætlig indfangning eller drab af enheder af disse arter i naturen.
Forsætlig forstyrrelse af disse arter, i særdeleshed i perioder, hvor dyrene yngler, udviser yngelpleje, overvintrer eller vandrer.
Beskadigelse eller ødelæggelse af yngle- eller rasteområder